한국교육개발원 이광현 부연구위원이 작성한 '자립형 사립고등학교와 일반계 고등학교와의 주요 교육비 현황 비교'에 따르면 민족사관고의 학생 1인당 연간 교육비는 3천11만6천원으로 공립 일반계 고교의 학생 1인당 세출금액 252만3천927원(2003년 기준)의 11.97배, 사립 일반계고교의 세출금액 456만4천618원의 6.6배 수준인 것으로 나타났다.
연간교육비는 1년 동안 학생을 교육시키기 위해 드는 인건비와 시설비 등 학교 측이 지출하는 총 경비로, 민사고에 이어 해운대고가 1천 1백만 원으로 나타났으며 나머지 자립형 사립고등학교들도 모두 5백만 원대에서 7백만 원대에 이르는 것으로 나타났다.
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